黒島研究所（くろしまけんきゅうしょ）は、沖縄県八重山郡竹富町の黒島にある研究所である。特定非営利活動法人日本ウミガメ協議会により運営され、石西礁湖のウミガメ類やサンゴの研究等を行っている。