ポケモン化石博物館は、国立科学博物館と株式会社ポケモンなどが連携し、2021年に始動した全国巡回の展示プロジェクト。実在の古生物の化石標本や復元資料と、『ポケットモンスター』シリーズの“カセキポケモン”を対比させ、古生物学への関心を喚起する科学コミュニケーションを展開している。各開催館の所蔵資料や会場に応じて構成を調整し、アンモナイト、三葉虫、恐竜などの化石と、オムナイト、カブト、プテラなどに関する設定資料や想像図を並置。骨格や生態の理解を促す解説展示に加え、関連ワークショップやオリジナルグッズも展開する。標本展示、イラストレーション、グラフィックを統合した空間演出が特徴。代表的な活動は巡回展「ポケモン化石博物館」。